Actuellement, il y a 14 clubs FFESSM affiliés à la fédération et attachés au Comité Départemental du Doubs.
Ils sont répartis en 3 secteurs :
-Besançon
Aqua Sport Comtois (ASC) : apnée, nage avec palmes, plongée loisirs, plongée sportive en piscine
Association Sportive Territoriale Bisontine (ASTB) : plongée loisirs
Besançon Université Club (BUC) : apnée, nage avec palmes, plongée loisirs
COS CG Section Aquatique : nage avec palmes, plongée loisirs
CSL Gendarmerie de Franche-Comté : plongée loisirs
La Méduse : apnée, nage avec palmes, plongée loisirs
-Pays de Montbéliard
Aquatique Club Sochalien (ACS) : plongée loisirs, plongée sportive en piscine
Club Montbéliard Sport Aquatique (CMSA) : nage avec palmes
Groupe Comtois Subaquatique (GCS) : plongée loisirs
Ptéroïs : plongée loisirs
Selkie Plongée : nage avec palmes, plongée loisirs
-Haut-Doubs
Frasne Plongée : apnée, nage avec palmes, nage en eau vive, plongée loisirs, handisub
Groupe d'exploration Subaquatique Pontissalien (GESP) : nage avec palmes, plongée loisirs, handisub
Club Nautique Pontarlier (CNP) : apnée